Προβλήματα προκαλεί η διακύμανση της στάθμης των λιμνών
Αυτό προκύπτει από μελέτη που εκπόνησαν κατά τα έτη 2005-2006 μέλη του Ελληνικού Κέντρου Βιοτόπων-Υγροτόπων για τους ποταμούς και τις λίμνες της Μακεδονίας και της Θράκης.
Όσον αφορά την ιχθυοπανίδα της Λίμνης Πολυφύτου, η ίδια μελέτη αναφέρει, πως μειώνεται η ικανότητα αναπαραγωγής των ειδών που εναποθέτουν τα αβγά τους κοντά στις όχθες, καθώς με την απόσυρση των νερών εκτίθενται στον αέρα και καταστρέφονται.