Μεγάλη ταλαιπωρία σημειώθηκε στα διόδια του Πολυμύλου. Οι πρώτες ημέρες λειτουργίας μάλλον βρήκαν το προσωπικό και τις υποδομές ανοργάνωτες με αποτέλεσμα οι οδηγοί, την Παρακευή και το Σαββατοκύριακο, σε ώρες αιχμής να είχαν αναμονή έως και 20 λεπτά για να περάσουν τα διόδια. Οι οδηγοί εξέφρασαν παράπονα για την απειρία των υπαλλήλων, καθώς παρ´όλο που λειτουργούσαν 4 λωρίδες εξυπηρέτησης, η διέλευση ήταν αναλογικά πολύ αργή.