Τα πρώτα έξοδα για τη λειτουργία του Φορέα Διαχείρισης, ύψους 236.000ευρώ θα καλυφθούν από την Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας μέσω του προγράμματος ΕΣΠΑ.
Σύμφωνα με το ΦΕΚ σκοπός του διατάγματος είναι:
Η προστασία και διατήρηση του λιμναίου και χερσαίου περιβάλλοντος της περιοχής της λίμνης της Καστοριάς όπου καταγράφονται σημαντικοί οικότοποι καθώς επίσης και οικότοποι προτεραιότητας σύμφωνα με την Οδηγία 92 / 43 Ε.Ο.Κ. (Κ.Υ.Α. 33318/3028/1998).
Η διατήρηση των υφιστάμενων ενδιαιτημάτων ορνιθοπανίδας και η προστασία σπάνιων και απειλούμενων ειδών που φωλιάζουν στην περιοχή της λίμνης Καστοριάς.
Η διατήρηση της φυσικότητας και της αντιπροσωπευτικότητας της λίμνης Καστοριάς.
Η διαχείριση του προστατευτέου αντικειμένου με γνώμονα την πολυδιάστατη σχέση μεταξύ ειδών − οικοτόπων − τοπίου (φυσικό και ανθρωπογενές).
Η οργάνωση − διαχείριση − ανάδειξη των φυσικών πόρων, λαμβάνοντας υπόψη την οικονομική, κοινωνική, πολιτιστική και εν γένει την τοπική και περιφερειακή
βιώσιμη ανάπτυξη.
Η οργάνωση της βιώσιμης ανάπτυξης μέσω της ορθολογικής χρήσης των φυσικών πόρων και ιδιαίτερα των υδατικών πόρων της περιοχής, με έμφαση στην εφαρμογή των αρχών της περιβαλλοντικής κατεύθυνσης στον πρωτογενή και δευτερογενή τομέα, την ανάδειξη της πολιτιστικής κληρονομιάς, όπως του λιμναίου προϊστορικού οικισμού του Δισπηλιού και όλων των κηρυγμένων αρχαιολογικών χώρων, καθώς και στην ανάπτυξη υποδομών παραγωγής ενέργειας φιλικών προς το περιβάλλον.
Η περιβαλλοντική ενημέρωση, εκπαίδευση, ευαισθητοποίηση και ενεργοποίηση των χρηστών, των φορέων και κατοίκων της άμεσης και ευρύτερης περιοχής.