Μετά από αυτή την εξέλιξη, τίθεται πλέον σε εφαρμογή η διακρατική συμφωνία που θα συμβάλλει τα μέγιστα στην ολοκληρωμένη προστασία και την προάσπιση της βιώσιμης ανάπτυξης της περιοχής του Πάρκου Πρεσπών.
Με τη συμφωνία αυτή μεταξύ των τριών χωρών και της Ευρωπαϊκής Ένωσης δρομολογούνται ουσιαστικές και μακροπρόθεσμες λύσεις των προβλημάτων αυτής της ευαίσθητης περιοχής των Βαλκανίων.
Περιέχει συγκεκριμένες δεσμεύσεις αλλά και ευκαιρίες για το φυσικό περιβάλλον και τις ανθρώπινες δραστηριότητες στην περιοχή και κυρίως θεσπίζει μόνιμες δομές συνεργασίας, στοιχεία απαραίτητα για την αντιμετώπιση των προβλημάτων αλλά και τη βιώσιμη ανάπτυξή της.
Τα μέρη συνεργάζονται ώστε να διασφαλίσουν την ολοκληρωμένη προστασία του οικοσυστήματος, συμπεριλαμβανομένης της κατάρτισης ολοκληρωμένων σχεδίων διαχείρισης της λεκάνης απορροής, σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα και αυτά της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Σημειώνεται ότι, το Πάρκο Πρεσπών αποτελεί ιδανικό περιβάλλον για τη διατήρηση σπάνιων και ενδημικών ειδών πανίδας και χλωρίδας ενώ ταυτόχρονα είναι τόπος αναπαραγωγής για σπάνια υδρόβια πουλιά, μεταξύ των οποίων και ο παγκοσμίως απειλούμενος αργυροπελεκάνος.